案情簡介：近期，稅務(wù)機關(guān)在對某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司實施檢查時發(fā)現(xiàn)，該企業(yè)通過招拍掛方式取得A土地的使用權(quán)，同時，政府與該企業(yè)簽訂了補充協(xié)議，對企業(yè)支付的A土地的出讓金進行財政返還。在土地增值稅清算申報時，企業(yè)根據(jù)其出讓合同約定的土地出讓金總額填報取得土地使用權(quán)所支付的金額。稅務(wù)機關(guān)認為該企業(yè)地價款申報有誤。

稅法分析：《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字[1995]6號）規(guī)定：取得土地使用權(quán)所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權(quán)所支付的地價款和按國家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關(guān)費用。江蘇省地方稅務(wù)局《關(guān)于土地增值稅有關(guān)業(yè)務(wù)問題的公告》（蘇地稅規(guī)[2012]1號）規(guī)定：納稅人為取得土地使用權(quán)所支付的地價款，在計算土地增值稅時，應(yīng)以納稅人實際支付土地出讓金（包括后期補繳的土地出讓金），減去因受讓該宗土地政府以各種形式支付給納稅人的經(jīng)濟利益后予以確認。本案中，該企業(yè)取得土地使用權(quán)所支付的地價款應(yīng)為出讓合同約定的地價款扣除政府財政返還款后的余額，稅務(wù)機關(guān)對該企業(yè)取得土地使用權(quán)所支付的金額進行了調(diào)整，并將審核結(jié)果書面通知企業(yè)，要求企業(yè)在規(guī)定的期限內(nèi)補繳稅款。