根據(jù)《國家稅務總局關于外貿企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)出口退稅有關問題的通知》(國稅函[2010]162號)規(guī)定，對于企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票應分以下兩種情況處理：

　　一是發(fā)票聯(lián)與抵扣聯(lián)全部丟失時，根據(jù)國稅函[2010]162號文件規(guī)定，對于外貿企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　二是有發(fā)票聯(lián)但抵扣聯(lián)丟失時，對于外貿企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　另外，在辦理此項業(yè)務時還有兩點需要注意：

　　一、自2010年1月1日以后，增值稅專用發(fā)票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調整為180天。那么，外貿企業(yè)丟失已開具的增值稅專用發(fā)票(抵扣聯(lián)或發(fā)票聯(lián))，如還未認證的應在規(guī)定期限的180天內及時進行認證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關事宜。

　　二、對于各地主管出口退稅的稅務機關為了加強出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發(fā)票信息比對無誤的情況下，才能按現(xiàn)行出口退稅有關規(guī)定辦理外貿企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票的出口貨物。