增值稅專用發(fā)票（抵扣聯(lián)）是外貿(mào)企業(yè)用于申報出口退稅與計算退稅的主要憑證之一。對于丟失增值稅專用發(fā)票能否繼續(xù)申報出口退稅，國家稅務(wù)總局下發(fā)的《關(guān)于外貿(mào)企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)出口退稅有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕162號），區(qū)分兩類情況對該問題進行了明確。

　　一、發(fā)票聯(lián)與抵扣聯(lián)全部丟失

　　根據(jù)國稅函〔2010〕162號文件規(guī)定，對于外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，向主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)申報出口退稅。國稅函〔2010〕162號文件首次明確在丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的情況下，通過認(rèn)證相符記賬聯(lián)可以作為外貿(mào)企業(yè)申報并計算出口退稅的依據(jù)。

　　二、有發(fā)票聯(lián)但抵扣聯(lián)丟失

　　根據(jù)國稅函〔2010〕162號文件規(guī)定，對于外貿(mào)企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件向主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)申報出口退稅。

　　另外，在辦理此項業(yè)務(wù)時，相關(guān)企業(yè)需要注意以下兩點：

　　第一，根據(jù)國家稅務(wù)總局《關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）規(guī)定，自2010年1月1日以后，增值稅專用發(fā)票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調(diào)整為180天。外貿(mào)企業(yè)丟失已開具的增值稅專用發(fā)票（抵扣聯(lián)或發(fā)票聯(lián)）如未認(rèn)證的，應(yīng)在規(guī)定期限的180天內(nèi)及時進行認(rèn)證，并區(qū)分兩類情況辦理出口退稅的有關(guān)事宜。

　　第二，為了加強出口退稅管理與審核，各地主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)只有在增值稅專用發(fā)票信息比對無誤的情況下，才能按現(xiàn)行出口退稅有關(guān)規(guī)定，為外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票的出口貨物辦理退稅事宜。