按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于以不動產(chǎn)或無形資產(chǎn)投資入股收取固定利潤征收增值稅問題的批復(fù)》規(guī)定:"以商標(biāo)權(quán)、專利權(quán)、非專利技術(shù)、著作權(quán)、商譽(yù)等投資入股,收取固定利潤的,屬于轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)使用權(quán)的行為,應(yīng)按'轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)'稅目征收增值稅."若自然人投資入股收取固定利潤的,其應(yīng)按"轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)"繳納增值稅.該自然人屬于提供經(jīng)營業(yè)務(wù),應(yīng)向A公司開具發(fā)票.

2、個人所得稅問題

《個人所得稅法實施條例》規(guī)定,特許權(quán)使用費所得,是指個人提供專利權(quán)、商標(biāo)權(quán)、著作權(quán)、非專利技術(shù)以及其他特許權(quán)的使用權(quán)取得的所得.

《個人所得稅法實施條例》第十條規(guī)定,個人所得的形式,包括現(xiàn)金、實物、有價證券和其他形式的經(jīng)濟(jì)利益.所得為實物的,應(yīng)當(dāng)按照取得的憑證上所注明的價格計算應(yīng)納稅所得額;無憑證的實物或者憑證上所注明的價格明顯偏低的,參照市場價格核定應(yīng)納稅所得額.所得為有價證券的,根據(jù)票面價格和市場價格核定應(yīng)納稅所得額.所得為其他形式的經(jīng)濟(jì)利益的,參照市場價格核定應(yīng)納稅所得額.

因此,該自然人以非專利技術(shù)使用權(quán)投資入股,向A公司提供專有技術(shù)并取得A公司股權(quán),屬于提供非專利技術(shù)使用權(quán)取得其他形式的經(jīng)濟(jì)利益(A公司股權(quán)),自然人應(yīng)按"特許權(quán)使用費所得"繳納個人所得稅.

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