增值稅專用發(fā)票抵扣流程如下所示：

以下有兩種認證辦法可以用作增值稅專用發(fā)票抵扣：

第一種認證辦法：

（1）在取得增值稅進項專用發(fā)票后，應在90天內(nèi)進行認證

（2）上傳待認證的發(fā)票:進入發(fā)票認證系統(tǒng)中的發(fā)票認證模塊,點擊網(wǎng)上認證按鈕,上傳待認證的發(fā)票(選中從電子申報軟件或者掃描儀系統(tǒng)導出的待認證文件進行上傳)

（3）等待認證結(jié)果:正常操作完成后,系統(tǒng)會提示文件已經(jīng)被稅務機關(guān)受理,等候認證結(jié)果

（4）認證結(jié)果查詢：一般過30分鐘之后，進入認證查詢模塊對發(fā)票進行狀態(tài)的查詢，輸入查詢條件后，系統(tǒng)會顯示“查詢發(fā)票認證結(jié)果-認證通過”這個界面，就會顯示所上傳認證的進項發(fā)票。

（5）認證結(jié)果下載：確認所有進項發(fā)票通過認證后要進入認證結(jié)果下載模塊，對其認證結(jié)果進行下載并保存。下載保存的時候輸入所屬年月。（單擊進入下載按鈕，進入認證結(jié)果下載界面，點擊下載按鈕，將認證結(jié)果下載并保存到磁盤中）

（6）下載認證結(jié)果通知書：下載完認證結(jié)果后，單擊“認證結(jié)果通知書下載”按鈕，進入下載界面后，再單擊“下載這里”進行下載并保存到磁盤。

（7）認證結(jié)果讀入：每次認證完了之后，必須下載認證結(jié)果，將認證結(jié)果導回電子申報軟件。操作原因：使電子申報系統(tǒng)和掃描系統(tǒng)能夠識別已經(jīng)認證通過的發(fā)票，在下次認證的時候就不會將已經(jīng)認證過的發(fā)票再重復導出來。

備注:如果經(jīng)過多次在網(wǎng)上認證仍然無法認證的話，應該在認證期限內(nèi)到主管稅局窗口進行認證。目前國稅局網(wǎng)站上面暫時還不能直接在網(wǎng)站上面直接認證，只能從代理的機關(guān)部門購買認證系統(tǒng)（一年300元服務費，包括上門安裝費）

第二種認證辦法：

1、在取得增值稅進項專用發(fā)票后，應在90天內(nèi)進行認證

2、直接把需要認證的發(fā)票拿到稅局的機子去進行認證，輸入納稅人代碼、納稅人密碼進行認證，認證完之后打印認證結(jié)果清單。

備注：只有通過認證的發(fā)票進項稅方可以抵扣。另外，非增值稅專用發(fā)票的抵扣如：運輸發(fā)票（7%抵扣），海關(guān)進口增值稅發(fā)票的抵扣不能直接在網(wǎng)上認證，但需要采集數(shù)據(jù)，采集數(shù)據(jù)的方法也是在國稅局網(wǎng)站下栽一個稅務數(shù)據(jù)采集通用軟件，將數(shù)據(jù)輸入用U盤拷貝，在報稅時帶到國稅局去抵扣。

報稅流程，現(xiàn)在一般都是在網(wǎng)上申報。但需要把紙質(zhì)報稅資料送到稅務局：

① 一般（1～10日）每月初為抄稅期，抄稅就是將金稅卡插到與稅控機連接的電腦上，打開開票軟件點擊抄稅就可以了。

② 將進項稅和銷售發(fā)票清單打印出來：進項是從認證已經(jīng)通過時打印，銷售發(fā)票清單是從稅控機中打印。

③ 根據(jù)打印清單填寫各種報表，同時要有申報月份的會計報表。